Таким местом, по мнению исследователей, является слизистая оболочка (внутренняя выстилка) кишечника. Реплицируясь в этом органе, ВИЧ разрушает его иммунную систему. Реальная борьба между вирусом и организмом происходит в кишечнике вскоре после заражения. В лимфоидной ткани кишечника находится 70% клеток иммунной системы всего организма. Внедрение вируса вызывает воспаление слизистой кишечника и массовую гибель этих клеток.

Воспаление слизистой кишечника в значительной степени ухудшает течение заболевания, в то время как нормальная слизистая, напротив, препятствует разрушительному действию вируса.